銀河からのオーロラが、死の鐘を鳴らす新たな物語が始まる。
来自银河的极光，推动死之钟声，崭新的篇章，就此揭开。
龙舌兰即将出现，柯南能否抓住机会，逮捕龙舌兰破解迷团？
唯一看透了真相的，是一个外表看似小孩，智慧却过于常人的，名侦探柯南！
......以下正文:
在组织压力下，宫野明美、宫野志保搬家，而赤井秀一也脱离组织回到美国，为了宫野明美、宫野志保两人的安全着想，也不再试图与宫野明美、宫野志保两人的联络。
然而由于宫野志保为组织至关重要的科学家，尽管组织此后很长一段时间没有放弃对秀一的追杀，宫野明美也并未受到牵连。
此后宫野明美开始逐渐希望带着妹妹一起脱离组织。
为此，黑衣组织将抢劫10亿日元的任务交给宫野明美，假意承诺任务完成，宫野明美、宫野志保两人即可脱离组织，任务失败便处死两人，实际上黑衣组织是想以任务失败为由除掉明美一人。
不明真相的宫野明美便接下任务，并接手了组织工作，而为了行走，宫野明美需要一个化名，于是广田雅美出现了。
广田雅美，是宫野明美参考南洋大学教授广田正巳（ひろたまさみ，HirotaMasami）的名字，取了读音相同的化名“广田雅美”（ひろたまさみ，HirotaMasami）。
作为掩护广田这一名字，宫野明美还找了广田健三与广田明两人作同伙实施了银行抢劫案。
然而抢劫到十亿日元后，同伙广田健三私吞了十亿日元潜逃，广田明、广田雅美为找到他的下落分别假装成广田健三的亲人雇佣侦探搜寻其下落。
而这时，毛利小五郎的“名侦探”名气正好打出去，宫野明美便委托毛利小五郎进行搜寻，也在此期间结识了自己（江户川柯南）。
柯南曾从灰原哀口中听过，姐姐（宫野明美曾惊讶柯南超越年龄的成熟冷静）曾经向妹妹宫野志保提起此事，这也为什么，宫野志保会由此推断出工藤新一服用A药变小，并且身份为江户川柯南的原因。
在毛利小五郎和自已的努力下，很快找到了广田健三，并让宫野明美与广田健三碰面，然而当天晚上，广田健三就被广田明杀害，而随后广田明也在酒店里，被宫野明美杀害。
紧接着，宫野明美便来到码头，与琴酒、伏特加对峙，追踪宫野明美的我和小兰也来到码头，但慢了一步。
琴酒认为，宫野明美的妹妹宫野志保，是组织内少有的头脑顶尖的人，是组织中的红人，不能允许她脱离组织。
宫野明美立刻意识到自己被组织欺骗，她试图举枪反抗，却被琴酒率先开枪击中腹部。
本想开第二枪的琴酒与伏特加，在听到我和小兰来的车声后，因为宫野明美根本不知道组织的事情，琴酒与伏特加便放弃了补刀，并迅速离开，而自己则稍迟一步赶到了现场，找到了宫野明美。
我向奄奄一息的宫野明美坦白了自己的真实身份是工藤新一，而宫野明美也告知了柯南组织的事情。
“那是个被层层谜团包围的巨大组织……组织的成员都穿着黑色衣服，像一群乌鸦一样……”），
说着，宫野明美说出了最后一句话，她恳求我先黑衣组织一步，取走存放在酒店柜台的十亿日元，这使警方最终以畏罪自杀结案。
而之后我从灰原哀口中得知了广田雅美的真名，是宫野明美。
后来我、灰原哀协同阿笠博士来到她们的父亲的故人出岛壮平的设计事务所，打听宫野夫妇俩以及组织的情报。
而在与设计师们交谈时得知宫野夫妇俩在世时，有一次曾带尚年幼的宫野明美来到设计事务所，当时明美恶作剧地把设计师们的工具藏起来，使设计师们束手无策。
继续交谈时，却意外得知宫野明美曾在银行抢劫案发生前来到设计事务所“借用”厕所并要求保密，承诺一周之后会带着妹妹再来一趟，然而宫野明美最终被组织杀害，没有赴约。
而此后事务所被两度“闯空门”。
我最终还是在厕所中找到了宫野明美巧妙隐藏的东西，是预感到死期将近的母亲艾莲娜专门留给宫野志保的1~20岁的留言磁带，并转交给了灰原哀。……
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