离开大傻谷后，小茂先行离开了，而亚钢和小智一行人继续着旅行。而明天，在路上小智受到了大木博士的留言，让亚钢和小智给大木博士打一个电话。
“亚钢，小智，那些化石盔，菊石兽和多刺菊石兽是你们在大傻谷里抓来的。”大木博士一张嘴就直奔主题。
“没错，是我用小智的神奇宝贝球抓的，那些都是我给小智选的资质不错的化石神奇宝贝。它们还好吧，我抓了联盟应该没意见吧。”小智听到这话一脸的懵懂，亚钢猜大木博士已经知道大傻谷出现的化石神奇宝贝，就自己承认了。
“没问题，我就说是你是我安排的人，你放心，我会好好照顾它们，它们全都刚刚醒来，身体很虚弱，要经过一段时间的调养才能恢复过来。”大木博士知道亚钢和小智很关心神奇宝贝，这话让小智安下心来。“亚钢，它们借我研究一下没问题吧。”
“当然了，大木博士，当初抓的时候就特意选了全部的化石神奇宝贝的每一个形态，就是为了方便你研究，你只要帮小智照顾好它们。”以亚钢的了解，虽然大木博士研究神奇宝贝很尽心，但有时有点过头了，不顾自己的危险，如果发现稀有神奇宝贝，那他就会死缠烂打的黏着对方。好在大木博士也有很强的神奇宝贝，不会有什麽大的危险。
几天后的路上，波克比也在亚钢的期待中诞生了。
“啊，好可爱，波克比你好啊。”小霞看着波克比，两眼直放光。“叫尅布哩~”∩_∩，波克比高兴的叫道，看来波克比虽然没在小霞面前孵化，但是波克比还是很喜欢小霞。
小智一行人继续向着红莲道馆前进，而路上碰到了一位大叔要求进行神奇宝贝的对决，小智当然是来者不拒。
“上吧，铁甲犀牛。”大叔派出的神奇宝贝是铁甲犀牛。
“妙蛙种子，就决定是你了。”而小智跟原著一样，派出妙蛙种子来应战。
“铁甲犀牛，使用猛撞攻击”，大叔率先下令说，然后铁甲犀牛就向着这边冲了过来。
“妙蛙种子，寄生种子，然后麻痹粉。”看着铁甲暴龙向妙蛙种子撞了过去，小智对妙蛙种子下令，像这种横冲直撞的方式是很好的活靶子。虽然妙蛙种子被撞飞，到寄生种子和麻痹粉成功命中铁甲，铁甲犀牛不断被吸收体力，补回妙蛙种子，妙蛙种子可以很快的恢复伤势。
“铁甲犀牛，振作起来啊！”大叔没想到会是这种情况。
“很好，妙蛙种子最后一击，飞叶快刀。”妙蛙种子飞出许多叶子，铁甲犀牛因为被麻痹，速度严重下降，根本躲不开，草系对地面系和岩石系效果拔群，而且还是小智特训版的飞叶快刀，铁甲犀牛直接失去了战斗能力。
“妙蛙种子干的好”，小智跑过去摸了摸妙蛙种子说。
“哒奈~”，可是就在这时，妙蛙种子痛苦的叫着。“妙蛙种子，你没事吧，我马上送你去神奇宝贝中心！”小智看到妙蛙种子背上的种子开始发光，但很痛苦，小智不知道该怎么办，就抱着妙蛙种子向神奇宝贝中心冲去。
“大伙，我们快去神奇宝贝中心。”大家也看到妙蛙种子一脸痛苦，也没说什麽，跟小智一起跑向神奇宝贝中心。
终于在傍晚，小智等人赶到了神奇宝贝中心，并且把它交给了乔伊小姐检查。
“你的妙蛙种子没事，只是开始出现进化的征兆罢了，不过看起来它好像在抗拒进化。”在认真检查后，乔伊对在外等待着的小智说，。
“它没事就好，进不进化都随便它。”小智认为不进化也可以变强，只不过进化是快速变强的一个捷径。
“妙蛙种子进化之后会进化成妙蛙草，你们看”，乔伊把小智等人带到窗户边，指着窗外说。
然后就听乔伊小姐说了妙蛙种子的传说，原来是到了某个时期，妙蛙种子就会从各处涌来，聚集在一块，举办进化的庆典。
“看来我们是迎接了重要的时刻了。”小刚听到后发出感慨。
“看起来很有趣，进化是在哪里发生的？”小霞这时突然问道，不过也提起了大家的好奇之心，毕竟这是一大奇迹啊。……
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